Ciprian Sandu

Cuprins  Introducere  Aplicație target  Framework-ul Gmarte

Introducere  Grid – pentru executarea de sarcini de calcul scump  Eforturi mari pentru dezvoltarea software-ului  Totuși, utilizatorii întâmpin ă probleme mari  Aplicație care efectueaz ă simul ă ri ale activit ă ții electrice a țesuturilor cardiace  Aplicația bazat ă pe infrastructur ă Grid  de nivel local (bazat pe Globus) şi  la scar ă larg ă (din cadrul proiectului Enabling Grid for E-SciencE)

Simulare a activit ă ţii electrice în ţesuturile cardiace  bolile cardiovasculare -> aproape jum ă tate din toate decesele din Europa!  aritmiile cardiace -> una din primele cauze de mortalitate în ţ ă rile dezvoltate  generarea de tahicardie ventricular ă şi fibrilatii ventriculare (« most efficient killers») -> not understood!!  simularea permite formularea de ipoteze in silico (virtual) înainte de experimentare clinic ă

Simulare a activit ă ţii electrice în ţesuturile cardiace (2)  simularea propag ă rii electrice din ţesuturile cardiace (indicator al st ă rii inimii) -> mare problem ă de calcul!  studiul electric al unui ţesut de dimensiuni mijlocii -> mai multe zile! (folosește modele ionice care detaliaz ă comportamentul intern al fiec ă rei celule cardiace simulate)  simulator bazat pe MPI -> reduce acest timp!

Simulare a activit ă ţii electrice în ţesuturile cardiace (3)  cost computațional mare, îns ă :  alternativa: simul ă ri parametrice:  efectele unor noi medicamente: simul ă ri multiple variind concentraţia medicamentului  efectele ischemiei târzii: variația rezistenţelor joncționale şi analiza evoluţiei activit ă ţii electrice => mai multe execuţii independente parametrice =>c r e ș t e costul total de calcul al num ă rului de simul ă ri!

Framework-ul GMarte  Gmarte = Grid Middleware for Abstract Remote Task Execution

 Globus – middleware: ofer ă protocoale şi servicii pentru  conectarea resurselor şi  implementarea pe scar ă larg ă de calcul Grid la nivel mondial  complexitatea sa inerent ă -> descurajant ă   => s-a creat Gmarte! (Grid Middleware for Abstract Remote Task Execution)  middleware ușor de utilizat (dezvoltat de Java CoG) -> permite metascheduling tolerant la defecte într-un cadru Globus-based Framework-ul Gmarte (2)

 Gmarte -> extins pentru a sprijini execuţii pe Computing Elements a testbed-ului LCG  LCG = LHC Computing Grid Project  LHC = Large Hadron Collider  LCG -> cea mai mare aplicație de tip Grid disponibil ă pentru calcul sciențific Framework-ul Gmarte (3)

 Utilizatorul  folosește API de nivel înalt oferit de GMarte,  nu mai interacţioneaz ă cu serviciile low-level de la Globus  astfel el declar ă ce în loc de cum trebuie executat de c ă tre obiectele Java API furnizate (GridTask, GridResource, etc)  GMarte: middleware client-side, instalat numai pe masina client, va interacţiona cu resursele infrastructurii Grid  clientul -> funcţional pe Windows şi Linux. Framework-ul Gmarte (4)

Mulțumesc!