1. Sense (Gene)
Anti-sense
Anti-
sense

3. א. מצא את מסגרת הקריאה הארוכה ביותר המצויה ברצף זה
5’ CTAGAAGATCTCGGGCAGCCCGCACTTGCCAATATCCGCGTAAGGCGACAAC
3’ GATCTTCTAGAGCCCGTCGGGCGTGAACGGTTATAGGCGCATTCCGCTGTTG
CCTGCTGAATAATTCACCGA CAT ATATGCAGAGATAAGCGAACCCAGGCTT
GGACGACTTATTAAGTGGCT GTA TATACGTCTCT ATT CGCTTGGGTCCGAA
GGACTTTTGTGGATCAGAGCCAACCTGGTCAGTGTCTCCGAGCA 3’
CC TGAAAACACCTAGTCTCGGTTGGACCAGTCACAGAGGCTCGT 5’
לפניכם רצף דנ"א
א. מצא את מסגרת הקריאה הארוכה ביותר המצויה ברצף זה
ב.ציין מהו גדיל ה Sense ומהו גדיל ה Anti sense
ג.כתוב את רצף הmRNA ואת רצף החלבון המתקבל
STOP
ATG
- CAG
- AGA
- TAA
Met - Gln - Arg - stop

4. 5’ ATG-TCG-GTG-AAT-TAT-TCA-GCA-GGG-TTG-TCG-CCT-TAC-GCG-GAT-ATT-
5’ CTAGAAGATCTCGGGCAGCCCGCACTTGCCAATATCCGCGTAAGGCGACAAC
3’ GATCTTCTAGAGCCCGTCGGGCGTGAACGGTTATAGGCGCATTCCGCTGTTG
CCTGCTGAATAATTCACCGA CAT ATATGCAGAGATAAGCGAACCCAGGCTT
GGACGACTTATTAAGTGGCT GTA TATACGTCTCT ATT CGCTTGGGTCCGAA
GGACTTTTGTGGATCAGAGCCAACCTGGTCAGTGTCTCCGAGCA 3’
CC TGAAAACACCTAGTCTCGGTTGGACCAGTCACAGAGGCTCGT 5’
STOP
DNA-SENSE
5’ ATG-TCG-GTG-AAT-TAT-TCA-GCA-GGG-TTG-TCG-CCT-TAC-GCG-GAT-ATT-
GGC-AAG-TGC-GGG-CTG-CCC-GAG-ATC-TTC-TAG 3’
mRNA
5’ AUG-UCG-GUG-AAU-UAU-UCA-GCA-GGG-UUG-UCG-CCU-UAC-GCG-GAU-
AUU- GGC-AAG-UGC-GGG-CUG-CCC-GAG-AUC-UUC-UAG 3’

5. MSVNYSAGLSPYADKGKCGLPEIF
mRNA
5’ AUG-UCG-GUG-AAU-UAU-UCA-GCA-GGG-UUG-UCG-CCU-UAC-GCG-GAU-
AUU- GGC-AAG-UGC-GGG-CUG-CCC-GAG-AUC-UUC-UAG 3’
PROTEIN N-
MSVNYSAGLSPYADKGKCGLPEIF - C

6. מה יקרה לחלבון בעקבות המוטציה הבאה:
5’ CTAGAAGATCTCGGGCAGCCCGCACTTGCCAATATCCGCGTAAGGCGACAAC
3’ GATCTTCTAGAGCCCGTCGGGCGTGAACGGTTATAGGCGCATTCCGCTGTTG
CCTGCTGAATAATTCACCGA CAT ATATGCAGAGATAAGCGAACCCAGGCTT
GGACGACTTATTAAGTGGCT GTA TATACGTCTCT ATT CGCTTGGGTCCGAA
GGACTTTTGTGGATCAGAGCCAACCTGGTCAGTGTCTCCGAGCA 3’
CC TGAAAACACCTAGTCTCGGTTGGACCAGTCACAGAGGCTCGT 5’ T A
מה יקרה לחלבון בעקבות המוטציה הבאה:
א.נוקלאוטידים AוT המסומנים יהפכו ל Tו A בהתאם?
יווצר ה STOP CODON TAA:

7. אם נתון שאתם באמצעה של מסגרת קריאה
5’ CTAGAAGATCTCGGGCAGCCCGCACTTGCCAATATCCGCGTAAGGCGACAAC
3’ GATCTTCTAGAGCCCGTCGGGCGTGAACGGTTATAGGCGCATTCCGCTGTTG
CCTGCTGAATAATTCACCGA CAT ATATGCAGAGATAAGCGAACCCAGGCTT
GGACGACTTATTAAGTGGCT GTA TATACGTCTCT ATT CGCTTGGGTCCGAA
GGACTTTTGTGGATCAGAGCCAACCTGGTCAGTGTCTCCGAGCA 3’
CC TGAAAACACCTAGTCTCGGTTGGACCAGTCACAGAGGCTCGT 5’

8. חוקי Wobble
טבלת חוקי :Wobble
משמעות: הקוד הגנטי, וגם חוקי Wobble, מותאמים אבולוציונית למוטציות transition, שהן המוטציות היותר נפוצות!

9. שאלה:
איזה אנטיקודון ניתן להציע עבור tRNA הנושא איזו-לאוצין? האם יש מספר אפשרויות?
UAG
UAI
UAA
UAG
UAI
UAU
UAI
אנטי-
קודונים
GCAUI
U or C G U A or G U,C or A
AUU AUA AUC קודונים
תשובה:
הקודונים של איזולאוצין הם – AUU, AUC ו-AUA.
אנטיקודונים:
UAA – מתאים ל-AUU בלבד.
UAG – מתאים ל-AUU ו-AUC.
UAI – מתאים לשלושתם! ל- AUU, AUC ו-AUA
UAU – מתאים ל-AUA אבל גם ל-AUG שהוא קודון למתיונין, כך שהוא עלול להכניס איזולאוצין במקום מתיונין. (ואכן – אנטי קודון זה הוא יחסית נדיר בהרבה אורגניזמים)

10. שאלה:
איזה אנטיקודון ניתן להציע עבור tRNA הנושא איזו-לאוצין? האם יש מספר אפשרויות?
UAG
UAI
UAA
UAG
UAI
UAU
UAI
אנטי-
קודונים
GCAUI
U or C G U A or G U,C or A
AUU AUA AUC קודונים
תשובה:
הקודונים של איזולאוצין הם – AUU, AUC ו-AUA.
אנטיקודונים:
UAA – מתאים ל-AUU בלבד.
UAG – מתאים ל-AUU ו-AUC.
UAI – מתאים לשלושתם! ל- AUU, AUC ו-AUA
UAU – מתאים ל-AUA אבל גם ל-AUG שהוא קודון למתיונין, כך שהוא עלול להכניס איזולאוצין במקום מתיונין. (ואכן – אנטי קודון זה הוא יחסית נדיר בהרבה אורגניזמים)

11. מרקרים מולקולריים משמשים כלוקוסים בעת ביצוע מיפוי גנטי
מיפוי בעזרת מרקרים מולקולריים
מרקרים מולקולריים משמשים כלוקוסים בעת ביצוע מיפוי גנטי
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) “snips”
AACGTCATCG vs. AACGTTATCG
Microsatellites - examined in lecture on a pedigree
Simple sequence length polymorphisms (SSLPs)
CGCGCG vs. CGCGCGCGCG vs. CGCG
The idea of Haplotypes

12. דוגמא למפה המפרטת את הרכב ומבנה הכרומוזום
249 Mbp
4000+ genes

13. בעכברים, האלל הדומיננטי R של הגן "ריסים" אחראי על ריסים
שחורים, והאלל r אחראי על ריסים חומים. אתה מעוניין למפות את הגן תוך שימוש ביכולת שלך לפענח, בו זמנית, מספר רצפי SNP (עבור כל עכבר).
לפניך הצאצים של הכלאה בין עכברים הטרוזיגוטים ל-R והטרוזיגוטים לסדרה של SNPs עם נקבות בעלות ריסים חומים והומוזיגוטיות לכל אותם SNPs.
P: R/r SNP_A/SNP_a X r/r SNP_a/SNP_a .
ריסים: SNP sequence seen:
Black A/a 24% B/b 25% C/c 27% D/d 46% E/e 26% F/f 24% G/g 23% H/h 1% I/i 25%
Black a/a 26% b/b 25% c/c 23% d/d 2% e/e 25% f/f 25% g/g 24% h/h 49% i/i 26%
Brown A/a 26% B/b 24% C/c 25% D/d 4% E/e 25% F/f 27% G/g 25% H/h 49% I/I 25%
Brown a/a 24% b/b 26% c/c 25% d/d 48% e/e 24% f/f 23% g/g 28% h/h 1% i/i 25%
SNP Position of SNP centiMorgan seq. of seq. of
Pair SNP is on )In million b.p.) position of SNP variant SNP variant
Name chrom. #: on Chromosome SNP on Chrom. “x” “X”
A/a agcagctcca agcagTtcca..
B/b gctcgtctta.. ..gAtcgtctta..
C/c cacccttttc.. ..cacTcttttc..
D/d attaacagca.. ..attCacagca..
E/e ctcctgcttc.. ..ctcctgGttc..
F/f gatcaaccct.. ..gatTaaccct..
G/g gggagcgtac gggagcCtac..
H/h acagaaacag acTgaaacag..
I/i gtcccccgag.. ..gtccTccgag..
א. באיזה כרומוזום נמצא הגן "ריסים"?
בכרומוזום 8

14. ב. היכן נמצא הגן "ריסים" במפה הגנטית של העכבר?
אחוז הצאצאים הרקומביננטיים בין הגן Rל-SNP-H הוא 2%, על כן, המרחק בין הגן R ל-SNP-H הוא 2 m.u.
אחוז הצאצאים הרקומביננטיים בין הגן Rל-SNP-D הוא 6%, על כן, המרחק בין הגן R ל-SNP-H הוא 6 m.u.
SNP Position of SNP centiMorgan seq. of seq. of
Pair SNP is on )In million b.p.) position of SNP variant SNP variant
Name chrom. #: on Chromosome SNP on Chrom. “x” “X”
A/a agcagctcca agcagTtcca..
B/b gctcgtctta.. ..gAtcgtctta..
C/c cacccttttc.. ..cacTcttttc..
D/d attaacagca.. ..attCacagca..
E/e ctcctgcttc.. ..ctcctgGttc..
F/f gatcaaccct.. ..gatTaaccct..
G/g gggagcgtac gggagcCtac..
H/h acagaaacag acTgaaacag..
I/i gtcccccgag.. ..gtccTccgag..
105
SNP_H 97
SNP_D
103
RISIM
ג. היכן נמצא הגן "ריסים" במפה הפיזית של העכבר? עד כמה המיפוי שביצעת מדוייק?
53.8
SNP_H
49.8
SNP_D ?
RISIM