1. BiRC Bioinformatics Research Center...and Association Mapping through Local Genealogies

2. BiRC Bioinformatics Research Center...and Association Mapping through Local Genealogies

3. What is bioinformatics? an unholy mix of biology, statistics and computer science solving biological problems “in silico”

4. Bioinformatics Research Center

9. Per, Poul og Steffan

11. Association Mapping through local genealogies

14. “Genetic” diseases Gunshot wounds Car accidents Smoking induced lung cancer Cardiovascular disease Obesity Diabetes 2 Alzheimer Schizophrenia BRCA1 breast cancer Cystic fibrosis Haemophilia

15. Disease mapping... --A--------C--------A----G---X----T---C---A---- --T--------G--------A----G---X----C---C---A---- --A--------G--------G----G---X----C---C---A---- --A--------C--------A----G---X----T---C---A---- --T--------C--------A----G---X----T---C---A---- --T--------C--------A----T---X----T---A---A---- --A--------C--------A----G---X----T---C---A---- --A--------C--------A----G---X----T---C---G---- --T--------C--------A----T---X----T---C---A---- --A--------C--------A----G---X----T---C---A---- --A--------C--------G----T---X----C---A---A---- --A--------C--------A----G---X----C---C---G---- Locate disease-affecting polymorphism Cases (affected) Controls (unaffected)

16. Disease mapping... --A--------C--------A----G---X----T---C---A---- --T--------G--------A----G---X----C---C---A---- --A--------G--------G----G---X----C---C---A---- --A--------C--------A----G---X----T---C---A---- --T--------C--------A----G---X----T---C---A---- --T--------C--------A----T---X----T---A---A---- --A--------C--------A----G---X----T---C---A---- --A--------C--------A----G---X----T---C---G---- --T--------C--------A----T---X----T---C---A---- --A--------C--------A----G---X----T---C---A---- --A--------C--------G----T---X----C---A---A---- --A--------C--------A----G---X----C---C---G---- Cases (affected) Controls (unaffected) Markers are locally correlated

17. Disease mapping... --A--------C--------A----G---X----T---C---A---- --T--------G--------A----G---X----C---C---A---- --A--------G--------G----G---X----C---C---A---- --A--------C--------A----G---X----T---C---A---- --T--------C--------A----G---X----T---C---A---- --T--------C--------A----T---X----T---A---A---- --A--------C--------A----G---X----T---C---A---- --A--------C--------A----G---X----T---C---G---- --T--------C--------A----T---X----T---C---A---- --A--------C--------A----G---X----T---C---A---- --A--------C--------G----T---X----C---A---A---- --A--------C--------A----G---X----C---C---G---- Cases (affected) Controls (unaffected) Search for indirect signals

18. Local trees along the genome

22. Clustering on a tree Disease affecting mutation

23. Clustering on a tree Complete penetrance Incomplete penetrance Spurious disease

24. Clustering on a tree Case/control clustering is not random on the tree...

25. Scoring the clustering Red=cases Green=controls Are the case chromosomes significantly over-represented in some clusters?

27. Whole genome breast cancer

28. Thank you! More information at http://www.birc.au.dk/~mailund/association-mapping/