1. Mikroorganizmaların Sınıflanması
Trakya Üniv Tıp Fak., , Güz, 1. Kurul,
Mikroorganizmaların Sınıflanması
Neşe Akış, PhD
Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

2. MİKROORGANİZMA ÇEŞİTLERİ ve temel farkları1
MİKROORGANİZMA ÇEŞİTLERİ ve temel farkları

3. Mikrobiyoloji Dalları
Subviral ajanlar grubu
RNA vüsleri grubu
Bakteriler grubu
DNA vüsleri grubu
Arkeler grubu
Protistler grubu
Mantarlar grubu
Protostomlar grubu
Viroloji
Bakteriyoloji
Parazitoloji
Mikoloji

4. Biyolojik Çeşitlilik-1
Viroidler grubu
RNA vüsleri grubu
Bakteriler grubu
DNA vüsleri grubu
Arkeler grubu
Protistler grubu
Mantarlar grubu
Protostomlar grubu
Ribozim RNA molekül genom
Soyu tükenen RNA hücresi kalıntısı, kapsitle sarılı
Bakteri genomundan kaçan genom, kapsidle sarılı

5. Biyolojik Çeşitlilik-2
Viroidler grubu
RNA vüsleri grubu
Bakteriler grubu
DNA vüsleri grubu
Arkeler grubu
Protistler grubu
Mantarlar grubu
Protostomlar grubu
Prokaryotik: DNA ve organeller hücre içinde serbest halde

6. Biyolojik Çeşitlilik-3
Viroidler grubu
RNA vüsleri grubu
Bakteriler grubu
DNA vüsleri grubu
Arkeler grubu
Protistler grubu
Mantarlar grubu
Protostomlar grubu
Ökaryotik: DNA çekirdek içinde

7. Mikrop Boyutları-1

8. Mikrop Boyutları-2 Ökaryotik tek hücreler
Prokaryotlar (bakteri ve arkeler)
Virüsler
Proteinler
Küçük moleküller, Atomlar

9. Mikropların çokhücreli olma eğilimleri
Prokaryotlar
Tek yaşayan hücreler
İşbölümü yaparak kümeleşenler (2 Boyutlu ve 3 Boyutlular)
Ökaryotlar
Mantar gibiler (Cıvık mantar ve Su küfü)
Bitki gibiler (Protofita)
Hayvanımsı olanlar (Protozoa)
Hem tek hücre hem dokulaşmış olarak yaşayanlar
Miksosporlar
Algler
Mantarlar (Maya ve Küfler)
Organize doku yaparak yaşayanlar
Bitkiler
Hayvanlar (Solucan, kafadanbacaklı, sürüngen, gibi..)

10. Virosfer Günümüzde canlıların 3 domainli sınıflaması Molekül canlılar
DNA zamanları
RNA zamanları
Virosfer
BAKTERİLER
YERKÜRENİN BAŞLANGICI
Molekül canlılar
ARKELER
RNA hücreleri
ÖKARYOTLAR
milyar yıl
4,5
3, , ,8
0,8

11. Ökaryotlar Virüsler Prokaryotlar RNA dünyası Mantarlar Hayvanlar
Bitkiler
Arkeler
Prokaryotlar
RNA hücresi
RNA dünyası
Ribozim

12. Yeryüzünün oluşumu Pannonita 650 milyon yıl Rodinia’nın oluşumu
(sığ denizler)
1,1 milyar yıl önce
Laurasia
520 milyon yıl
Gondwana
450 milyon yıl

13. Atmosferik oksijenin artışı

14. Kıta kaymalarının tarihçesi

15. RNA ve ilk hücresel kürecikler

16. Dünya tarihinin biyo-saati

17. Olumsuz koşullar dayanıklı mutantların yaşamasına olanak sağlar

18. MİKROORGANİZMALARIN SINIFLANMASINDA GENEL PRENSİPLER2
MİKROORGANİZMALARIN SINIFLANMASINDA GENEL PRENSİPLER

19. Mikrobiyoloji’nin ilgi alanındaki canlılar
Prokaryotlar
ökaryotlar
Ökaryotlar
Viral tanecikler
ARKE
PRİYON
(protein)
VİRÜS
PRİYON
(protein)
BAKTERİ
MANTAR
tıbbi mikoloji derslerinde işleniyor
VİRÜS
tıbbi bakteriyoloji derslerinde işleniyor
VİROYİD
(RNA)
PLASMİD
(DNA)
Subviral ajanlar (molekül canlı viroidler, satelit eksik virüsler)
tıbbi parazitoloji derslerinde işleniyor
UYDU
HELMİNTLER
tıbbi viroloji derslerinde işleniyor
HELMİNT
tıbbi viroloji derslerinde işleniyor
PROTOZOA
EKLEM BACAKLILAR
tıbbi parazitoloji derslerinde işleniyor
EKLEM BACAKLI
IVS/IS, IRS ve
TRANSPOZON

20. CANLILAR KENDİ BENZERLERİNİ SENTEZLERLER, BÖYLECE SOY ÜRETİLİR
BAZI MOLEKÜLLER BİR DİĞERİNİ FİZİKSEL YOLLA KENDİNE BENZEYEN ŞEKLE DÖNÜŞTÜREBİLİR. BUNLAR CANLI DEĞİLDİR.
ÖRNEKLER:
Tuz ve su kristalleri (BİR KRİSTAL TANECİĞİNİN SIVIYI KRİSTALİZE
ETMESİ)
Priyonlar
Amiloid plaklar

21. PRİYONlar (keza, amiloid plakların proteinleri) insanda yanlış katlanmış proteinlere verilen isimdir. Bunlar doğru katlanan akrabalarını kendisi gibi yanlış katlanmaya katalize ederler ve bulaştıkları canlıda kendi gibi olanların sayısal artışına yol açarlar. Priyonlar çözünmez birikimlere yol açararak toksik etki yaparlar, Alzaymer hastalığında olduğu gibi.
Amino asit dizileri aynı ama yanlış katlanan proteinler vücutta birikerek hastalıklara yol açar
Priyon
katlanma
Normal katlanma

22. Sınıflama çeşitleri
Biyolojik sınıflama: Moleküler yapı ve filogenetik akrabalıklara göre sınıflama
Özelliklere göre sınıflama: Morfoloji, membran, organeller, ifade edilen enzimler, yüzeyel moleküller ve yaptığı hastalık kriterlerine göre sınıflama

23. SINIFLAMAda İSİMLENDİRME (nomenklatür)
Cins ve tür isimleri, ilki büyük harf, ard arda ve italik yazılır. Çıta için örnek,
Felis chaetah (Aslangil çıta)

24. 3
VİRÜS SINIFLAMASI

25. VİRÜSLER

26. VİROİDLER GRUBU: İlkel çorbadaki ribozim özellikli RNA molekülleri arasında canlılık kriterleri sağlanmış (kendini kalıp alıp eşleneğini ve ondan tekrar kendisinin aynısını üreten) RNA genomlar vardır
RİBOZİM özellikli bir RNA molekülü

27. ULUSLARARASI VİRÜS SINIFLAMA KOMİTESİ

28. RNA virüsleri
DNA virüsleri ti çi Z A R F L I çi ti çi Z A R F S I ti
VİROİDLER ve sınıflanmayanlar

29. VİRÜS İSİMLENDİRME
Takım (5 takım, -virales eki alacak)
Aile (82 aile, -viridae eki alacak)
Alt aile (11 alt aile, -virinae eki alacak)
Cins (307 cins, -virüs eki alacak)
Tür (2,083 tür, -virüs eki alacak)
Alt tipler…………………………….
ÖRNEK:
Herpes virales’in, herpes viridae’de yer alan,
Herpes simplex tip1 virüsü (HSV1)

30. PRATİKTE Yaptığı enfeksiyon hastalığı çeşidine göre sınıflandırma
Solunum yolu viral enfeksiyon etkenleri (viral pnömoni etkenleri)
Viral gastroenterit etkenleri
Döküntülü enfeksiyon viral etkenleri
Hepatit virüsleri
Kuduz
AIDS etkeni virüsler
Yavaş virüs enfeksiyon etkenleri
Tümör virüsleri
Diğer viral enfeksiyon etkenleri (miyokardit, gebelikte zararlı etkenler..)

31. PROKARYOT SINIFLAMASI4
PROKARYOT SINIFLAMASI

32. PROKARYOTLARın Genel Özellikleri
Haploid, çoğu intronsuz, DNAyı tam tamir edemeyen organizmalardır.
3.5 milyar yıllık filamentli bir prokaryot mikrofosili
İntron= ökaryotlarda gen içinde gene ait olmayan dizilere verilen isim
Haploid= Her kromozomdan tek adet olması hali

33. 1- Arkeler
Hücre organizasyonları bakterilere benzer, ancak, genetik makinaları ve üremeleri ökaryotlarınki gibidir
Çoğu arke aşırıseverdir (kaynar kaplıcalarda, tuz göllerinde, asidik volkan ağızlarında, alkalik bataklıklarda, petrol kuyu ağızlarında, okyanus diplerinde veya dağ tepelerinde, buzulların içlerinde yaşarlar)
Metanojenik arkeler insanların, geviş getiren hayvanların ve böceklerin sindirim sisteminde yerleşiktir
Haloquadratum

34. 2- Bakteriler Kok şeklinde iltihap etkeni bakteriler
Çomak (basil) şeklinde
kolera etkeni bakteriler
İplik şeklinde (spiroket)
sifiliz etkeni bakteriler

35. DEĞİŞİK BAKTERİ MORFOLOLOJİLERİ
İşbölümü yaparak kümeleşen 3 boyutlu bakteriler

36. PROKARYOT SINIFLANDIRMA
ULUSLARARASI SİSTEMATİK BAKTERİYOLOJİ KOMİTESİ prokaryotları 27 alemde sınıflamıştır.
Bakteri gruplarının %88’i:
Proteobacteria
Actinobacteria
Firmikute
Bacteroidetes

37. PROKARYOT İSİMLENDİRME
Değişik yerlerden izole edilen bakteri türüne ayrıca yer veya hasta ismi eklenerek suş ismi üretilir.
Örnekte E.coli’nin bir serovaryasyonunun Bayan Xyz’den izole edilmiş suşu isimlendirilmiştir.

38. PRATİKTE Laboratuvar tanısına göre sınıflandırma
(Örneğin, katalaz tepkimesi olumlu bulunan bir S.aureus suşu “S. aureus katalaz pozitif” şeklinde ifade edilir)
Gram pozitif anaerop bakteriler (sporlu çomaklar, gibi)
Gram negatif anaerop bakteriler
Gram pozitif koklar
Gram pozitif çomaklar (sporlu ve sporsuzlar, gibi..)
Gram negatif koklar
Gram negatif çomaklar (enterobakteriler ve diplokoklar, gibi..)
Mikobakteriler
Duvarsızlar
Spiroketler (fusiform ve kıvrıklar, gibi..)
Zorunlu hücreiçi bakteriler (Rickettsia’lar, gibi..)

39. 5
TIBBİ PARAZİTOLOJİ ve TIBBİ MİKOLOJİDE ÖKARYOTİK MİKROORGANİZMA SINIFLAMASI

40. PRATİK BİR PARAZİTOLOJİ KATEGORİZASYONU
Enfeksiyon veya enfestasyon yapan non mikotik ökaryot ajanları, ve insanla yaşayan ökaryot vektörleri işleyen bilim alanıdır. Parazitolojinin doğrudan ilgi alanı olmamakla birlikte kırkayak, çıyan, akrep ve yılan gibi insan ısıran ve zehir zerk eden hayvanlar da bazen bu derslerde işlenir.
PRATİK BİR PARAZİTOLOJİ KATEGORİZASYONU
Hayvanımsı tek hücreliler (sporlu, amip, ve kamçılılar)
Şerit, yassı, yuvarlak ve halkalı solucanlar (sestod, trematod, nematod ve anelidler)
Mandibullu (bit, pire, kene, sivrisinek, tahtakurusu) ve keliserli ağızlı (akar, örümcek) eklem bacaklılar

41. Tek hücreli ökaryotik mikroorganizmalar:
PROTOZOONLAR

42. Çok hücreli ökaryotik mikroorganizmalar:
HELMİNTLER

43. Çok hücreli ökaryotik mikroorganizmalar:
EKLEMBACAKLILAR

44. MANTARLARın sınıflaması
Mikoloji
Enfeksiyon veya enfestasyon yapan mikotik ökaryot ajanları işleyen bir bilim alanıdır.
Çok hücreli ökaryotik mikroorganizmalardan
MANTARLARın sınıflaması
MAYALAR
KÜFLER

45. 22 ÖKARYOT alemi içinde 7 alem tıbbi mikrobiyolojinin ilgi alanıdadır
MANTAR GRUBU
(FUNGİ)
Sölomsuz solucanlar
Yalancı sölomlu solucanlar
ÖKARYOT
METAZOA GRUBU
PROTOZOA’lar
Yumuşakçalar, eklem bacaklılar, yılan
Diğer 15 alem

46. ÖKARYOT İlgili 7 ÖKARYOT alemi Sölomsuzlar: METAZOA GRUBU PROTOZOA
Fasciola, Echinococcus, Taenia, Diphyllobothrium, Paragonimus, Clonorchis, Schistosoma
İlgili 7 ÖKARYOT alemi
MANTAR (FUNGİ)
GRUBU
ÖKARYOT
METAZOA GRUBU
PROTOZOA
Yalancı sölomlular:
Sölomlular:
Anelidler, eklem bacaklılar ve yılan
Enterobius, Trichuris, Ascaris, Ancylostoma, Necator, Strongyloides, Toxocara,
Trichinella, Ancylostoma, Wuchereria, Brugia,
Loa, Onchocerca
Fornicatalar:
Giardia
Euglenozoalar:
Leishmania,
Trypanasoma
Parabasalidealar:
Trichomonas
Alveolatalar:
Cryptosporidium,
Plasmodium,
Toxoplasma
Amoebozoalar:
Entamoeba,
Acanthamoeba
Heterolobosealar:
Naegleria

47. Terminoloji Viroid: Virüs kabul edilenler Arke
Protist: Tek hücreli mantar dışındaki ökaryotik mikroplar
Protostom: Çok hücreli ökaryotik mikroplar
Prokaryot: Çekirdeği membransız haplotipik mikrop
Priyon: Yanlış katlanmış protein
Amiloid plak: Vücutta yanlış katlanmış protein yığını
Morfoloji: Yapısal inşaa
Filogenetik: Genlere göre evrimsel sınıflama
Ribozim: Enzim kapasiteli RNA molekülü
Haploid: Tek set kromozomlu
Diploid: Çift set kromozomlu
İzole etmek: Labda çoğaltmak
Suş: Viral veya bakteriyel türün izole edildiği yerdeki çeşidi
Protozoon: Bir protist grubu
Helmint: Bir protostom grubu