ROC - Receiver Operating Characteristic

Slides:



Advertisements
Similar presentations
Comparison of the diagnostic accuracy of BNP & NTPro-BNP in Acute and Chronic Heart Failure by Jamie Al-Nasir.
Advertisements

©2011 Elsevier, Inc. Molecular Tools and Infectious Disease Epidemiology Betsy Foxman Chapter 8 Determining the Reliability and Validity and Interpretation.
1 Propensity Scores Methodology for Receiver Operating Characteristic (ROC) Analysis. Marina Kondratovich, Ph.D. U.S. Food and Drug Administration, Center.
Lecture 3 Validity of screening and diagnostic tests
Martin Vacek Filozofický Ústav Slovenská Akadémia Vied Školite ľ : Prof. Marián Zouhar, PhD. 14/01/2013
Critically Evaluating the Evidence: diagnosis, prognosis, and screening Elizabeth Crabtree, MPH, PhD (c) Director of Evidence-Based Practice, Quality Management.
Sensitivity, Specificity and ROC Curve Analysis.
Performance measures Morten Nielsen, CBS, BioCentrum, DTU.
Darlene Goldstein 29 January 2003 Receiver Operating Characteristic Methodology.
Statistics in Screening/Diagnosis
Medical decision making. 2 Predictive values 57-years old, Weight loss, Numbness, Mild fewer What is the probability of low back cancer? Base on demographic.
Mother and Child Health: Research Methods G.J.Ebrahim Editor Journal of Tropical Pediatrics, Oxford University Press.
Division of Population Health Sciences Royal College of Surgeons in Ireland Coláiste Ríoga na Máinleá in Éirinn Indices of Performances of CPRs Nicola.
Quartiles of complete blood count components Jeffrey L. Anderson, et al. Am J Cardiol 2007;99:
From Genome-Wide Association Studies to Medicine Florian Schmitzberger - CS 374 – 4/28/2009 Stanford University Biomedical Informatics
MEASURES OF TEST ACCURACY AND ASSOCIATIONS DR ODIFE, U.B SR, EDM DIVISION.
HORIZON RNDr. Eva Majkova, DrSc. SAV Štefánikova 49 SK Bratislava Mobil Kontakt.
Risk Prediction of Complex Disease David Evans. Genetic Testing and Personalized Medicine Is this possible also in complex diseases? Predictive testing.
Prediction statistics Prediction generally True and false, positives and negatives Quality of a prediction Usefulness of a prediction Prediction goes Bayesian.
Statistical inference Statistical inference Its application for health science research Bandit Thinkhamrop, Ph.D.(Statistics) Department of Biostatistics.
1 SSC 2006: Case Study #2: Obstructive Sleep Apnea Rachel Chu, Shuyu Fan, Kimberly Fernandes, and Jesse Raffa Department of Statistics, University of British.
Diagnosis Examination(MMSE) in detecting dementia among elderly patients living in the community. Excel.
ROC curve estimation. Index Introduction to ROC ROC curve Area under ROC curve Visualization using ROC curve.
Normal Distribution, Likelihood Ratios, and ROC Curves Body Mass Indices for WNBA and NBA Players Seasons.
Timothy Wiemken, PhD MPH Assistant Professor Division of Infectious Diseases Diagnostic Tests.
PTP 560 Research Methods Week 12 Thomas Ruediger, PT.
Diagnostic Likelihood Ratio Presented by Juan Wang.
Sensitivity, Specificity, and Receiver- Operator Characteristic Curves 10/10/2013.
Assessing the additional value of diagnostic markers: a comparison of traditional and novel measures Ewout W. Steyerberg Professor of Medical Decision.
Critical Appraisal Course for Emergency Medicine Trainees Module 5 Evaluation of a Diagnostic Test.
A Risk Assessment Tool for Undetected Hyperglycemia Richelle J. Koopman, MD, MS** Arch G. Mainous III, PhD* Arch G. Mainous III, PhD* Charles J. Everett,
Biostatistics Class 2 Probability 2/1/2000.
Screening for Disease: Part One
Diagnostic Test Studies
Logistic Regression Model (Limited)
Materials & Methods what to include and where
Analyzing dichotomous dummy variables
Vrushali Patwardhan, Dinesh Kumar, Varun Goel, Sarman Singh
Sme produkty, musíme sa predať
بسم الله الرحمن الرحيم Clinical Epidemiology
Machine Learning Week 10.
Štatistické testovanie hypotéz. Porovnanie dvoch výberov
Diagnosis II Dr. Brent E. Faught, Ph.D. Assistant Professor
Integritné obmedzenia v SQL
Metódy kĺzavých priemerov (MA – moving averages) - Marcel Kocifaj
The receiver operating characteristic (ROC) curve
PET/CT s Flurocholínom(18F) pri uzlovitých léziách v pečeni: môže včasná dynamická akvizícia zlepšiť špecifickosť? S Balogova §+, V Huchet+, F Bumsel,
HIV/AIDS „história“.
Receiver operator characteristic (ROC) curves comparing the ability of different expiratory breathing parameters and perinatal variables (birthweight z-score.
Chapter 9: Hypothesis Tests Based on a Single Sample
Figure 1. Table for calculating the accuracy of a diagnostic test.
Normal Distribution, Likelihood Ratios, and ROC Curves
Receiver operating curves (ROC) of the Framingham and QRISK2 risk factor models for predicting 10-year risk of cardiovascular disease with and without.
Receiver operating characteristic curves with statistical significance are shown. Receiver operating characteristic curves with statistical significance.
ROC for predicted combined death or neurodevelopmental impairment compared with actual death or neurodevelopmental impairment as stratified by gestational.
C.C. Apfel, P. Kranke, C.-A. Greim, N. Roewer 
Statins and other agents for vascular inflammation
Contributions to Cardiovascular Disease Prediction in the Women’s Health Study* Nancy R. Cook, et al. Circulation 2007;115:
Baseline Characteristics
E. Tacconelli  Clinical Microbiology and Infection 
Accuracy of sputum colour in predicting NB
Receiver under the operator characteristic (ROC) curve for the test accuracy of the final risk score in the entire external validation sample (c statistic=0.84,
ZIKV ELISA results by NHP type and prior exposure.
Receiver operating characteristic curves (ROC) for the metabolites between the systemic inflammatory response syndrome (n=15) and sepsis (n=35) groups.
Receiver operating curves (ROC) of simple age and gender adjusted risk factor models for predicting 10-year risk of cardiovascular disease comparing the.
(A) ROC for the prediction of 5-year mortality in unoperated significant MR. AUCs and corresponding p values are shown for lateral annulus E/E′ (AUC=0.69,
—ROC curves for each simple test compared with NCS (gold standard) plotting the sensitivity versus 1-specificity (the false-positive rate) for different.
ROC curves showing additive value of DHE in diagnosing ongoing episode of recurrence among all patients with established history of recurrent pericarditis.
Accuracy of sputum colour in predicting neutrophilic inflammation.
Evidence Based Diagnosis
Presentation transcript:

ROC - Receiver Operating Characteristic Iveta Waczulíková Peter Slezák Fakulta matematiky, fyziky a informatiky UK Ústav simulačného a virtuálneho medicínskeho vzdelávania LF UK

ROC krivka: jednoduchý prípad Máme diagnostický test, testujúci prítomnosť nejakého ochorenia Test má 2 možné výsledky: ‘pozitívny’ = poukazujúci na prítomnosť ochorenia ‘negatívny’ Subjekt môže byť testovaný jednak na prítomnosť a aj na neprítomnosť ochorenia

Pripomenutie o testovaní hypotéz Proti sebe stoja dve „súťažiace“ teórie, čo sa týka populačných hodnôt parametrov (napr. priemerov): NULOVÁ hypotéza H0 ALTERNATÍVNA hypotéza HA (tvrdenie o efekte/vplyve, ktoré chceme testovať) H0: žiadny rozdiel (NO DIFFERENCE) Čiže každá pozorovaná odchýlka je len v dôsledku NÁHODY (chance variability) HA: DIFERENCIA REÁLNE EXISTUJE

Testová štatistika Test „meria“, ako ďaleko sú pozorované dáta od toho, čo je očakávané, ak platí NULOVÁ hypotéza H0 tým, že sa spočíta hodnota testovej štatistiky (TS) z dát Výpočet príslušnej TS (každá má svoje označenie, napr. t, F...) je viazaný na daný parameter NULOVÁ hypotéza H0 je zamietnutá, ak je hodnota TS väčšia ako kritická hodnota, ktorá je tabelovaná a program ju „vyberá“ na základe užívateľom dopredu špecifikovanej hladiny alfa - užívateľ tým zadá tzv. oblasť zamietnutia (‘rejection region’)

Skutočný stav subjektu vs. výsledok testu pozitívny negatívny Ochorenie ÁNO (prítomné) (D = 1)  True + X Chyba II typu (Falošne -)  Ochorenie NIE (neprítomné) (D = 0) Chyba I typu (Falošne +)  True - Test Ochorenie

Senzitivita, špecificita, pozitívna prediktívna hodnota, negatívna prediktívna hodnota Ak je výsledok testu pozitívny, aká je skutočná pravdepodobnosť, že je subjekt naozaj chorý? Ak je výsledok testu negatívny, aká je skutočná pravdepodobnosť, že je subjekt naozaj zdravý?

Príklad Populácia bez ochorenia (zdraví) Populácia s daným ochorením Výsledok testu

Hranica Výsledok testu Pacienti, ktorých test označil ako “negatívnych” Pacienti, ktorých test označil ako “pozitívnych” Výsledok testu

Niekoľko definícií ... True Positives Výsledok testu Pacienti, ktorých test označil ako “negatívnych” Pacienti, ktorých test označil ako “pozitívnych” True Positives Výsledok testu Populácia bez ochorenia Populácia s daným ochorením

Niekoľko definícií ... False Positives Výsledok testu Pacienti, ktorých test označil ako “negatívnych” Pacienti, ktorých test označil ako “pozitívnych” False Positives Výsledok testu Populácia bez ochorenia Populácia s daným ochorením

Niekoľko definícií ... True negatives Výsledok testu Pacienti, ktorých test označil ako “negatívnych” Pacienti, ktorých test označil ako “pozitívnych” True negatives Výsledok testu Populácia bez ochorenia Populácia s daným ochorením

Niekoľko definícií ... False negatives Výsledok testu Pacienti, ktorých test označil ako “negatívnych” Pacienti, ktorých test označil ako “pozitívnych” False negatives Výsledok testu Populácia bez ochorenia Populácia s daným ochorením

Hranicu môžeme ľubovoľne posúvať - vpravo ‘‘-’’ ‘‘+’’ Výsledok testu Populácia bez ochorenia Populácia s daným ochorením

Hranicu môžeme ľubovoľne posúvať - vľavo ‘‘-’’ ‘‘+’’ Výsledok testu Populácia bez ochorenia Populácia s daným ochorením

ROC krivka True Positive Rate (senzitivita) 0% 100% False Positive Rate (1-špecificita) 0% 100%

Porovnanie ROC kriviek Slabý test: Dobrý test: Sensitivity 0% 100% 1 - Specificity Sensitivity 0% 100% 1 - Specificity

Extrémne prípady ROC kriviek „Ideálny“ najlepší test: Najhorší test: Sensitivity 0% 100% 1 - Specificity Sensitivity 0% 100% 1 - Specificity Distibúcie sa vôbec neprekrývajú Distribúcie sa prekrývajú úplne

Cieľom je väčšinou nájsť takú hranicu, aby sme dosiahli rovnováhu medzi nesprávne pozitívnymi a nesprávne negatívnymi výsledkami Voľba závisí od toho, aké následky by mali nesprávne rozhodnutia a tiež, ako často sa vyskytujú

Plocha pod ROC krivkou (AUC) (označovaná tiež ako „c statistics“) Celková miera výkonnosti testu Porovnávanie dvoch testov na základe rozdielov medzi odhadnutými AUC AUC je funkciou senzitivity a špecificity pre každú hodnotu meranej charakteristiky alebo multivariačného modelu. It is commonly believed that sensitivity and specificity are properties of a test and are not subject to alteration by prevalence of disease, as are the positive and negative predicted values. This has been shown to be false, however, both theoretically and clinically. Both sensitivity and specificity can be influenced by case mix, disease severity, or risk factors for disease. For example, a test is likely to be more sensitive among more severe than among milder cases of disease. Similarly, specificity can depend on characteristics of noncases, such as gender, age, or prevalence of concomitant risk factors.

Príklady AUC pre ROC krivky Sensitivity 0% 100% 1 - Specificity Sensitivity 0% 100% 1 - Specificity AUC = 100% AUC = 50% Sensitivity 0% 100% 1 - Specificity Sensitivity 0% 100% 1 - Specificity AUC = 90% AUC = 65%

Referencie: Harris, Taylor: Medical statistics made easy. 2003. Zvárová et. al. Základy statistiky pro biomedicínské obory. Praha, Karolinum, 2004. Slezák, P., Waczulíková, I.: Hodnotenie užitočnosti diagnostických testov (senzitivita, špecificita, pozitívna a negatívna prediktívna hodnota). Slovenská rádiológia 17, č. 2 (2010), s. 42-44. Slezák, P., Waczulíková, I.: Hodnotenie užitočnosti diagnostických testov (Likelihood ratio pozitívneho/negatívneho výsledku testu, Diagnostic Odds ratio, Diagnostic accuracy, Youdenov index). Slovenská rádiológia 2011, 18. Cook, N. R.: Use and Misuse of the Receiver Operating Characteristic Curve in Risk Prediction. Circulation. 2007;115:928-935. Prezentácia je inšpirovaná: http://www.isrec.isb-sib.ch/~darlene/ms/SIB-ROC.ppt.