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T H O M S O N S C I E N T I F I C Biology 201
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Copyright 2007 Thomson Corporation 2 T H O M S O N S C I E N T I F I C Why BondPlus?
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Copyright 2007 Thomson Corporation 3 T H O M S O N S C I E N T I F I C What is the BondPlus BondPlus = Public Sequences Data + BindPlus + GenSeq GenSeq: 专利序列数据库 收集来自全球 41 个国家与机构的专利序列。 统一用英文重新撰写专利描述性的标题，评述。 手工收集专利中所涉及的序列信息 每周更新两次 回溯至 1981 年 可进行序列 Blast 查询相关专利信息 GenSeq: 专利序列数据库 收集来自全球 41 个国家与机构的专利序列。 统一用英文重新撰写专利描述性的标题，评述。 手工收集专利中所涉及的序列信息 每周更新两次 回溯至 1981 年 可进行序列 Blast 查询相关专利信息
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Copyright 2007 Thomson Corporation 4 T H O M S O N S C I E N T I F I C BondPlus 的 GenSeq 收集了来自 41 个国家 / 组织的 2000 多万个专利核酸 / 蛋白序列 NCBI 中收录只收录了来自 3 个国家 / 组织的 600 多万条专利核酸 / 多肽序列。 公共数据库很难查全有关核酸 / 多肽序列的专利。 – 一方面为序列知识产权策略的制定造成困扰 – 另一方面，在研发上有可能忽略一些重要的信息。 – 这也是为什么 NCBI 建议如果是做专利序列的全面检索，要检索更专业的数 据库，比如： GENSEQ （ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/NAWBIS/Modules/InfoHubs/Exercis es/infohubs_qa_patents_only.html ） http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/NAWBIS/Modules/InfoHubs/Exercis es/infohubs_qa_patents_only.html
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Copyright 2007 Thomson Corporation 5 T H O M S O N S C I E N T I F I C NCBI 站点 建议进行全面的专利序列检索要用更 专业的数据库，比如 GenSeq USPTO have a license for up to 100 users JPO presently have a license for 135 users EPO have a license for up to 50 users. USPTO have a license for up to 100 users JPO presently have a license for 135 users EPO have a license for up to 50 users.
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Copyright 2007 Thomson Corporation 6 T H O M S O N S C I E N T I F I C Enbrel （通用名 Etanercept ）： 蛋白药，作用机制： 肿瘤坏死因子拮抗剂 由 Immenex/Amgen 公司生产，由人的肿瘤坏死因子 (TNF, Tumor necrosis factor) 膜 外受体部分和人的免疫球蛋白 (IgG1) 的 Fc 部分融合 (TNFR:Fc) 而成。 在哺乳动物细胞中 合成。 国内仿制厂商：益赛普，生产厂商：上海中信国建 Enbrel （通用名 Etanercept ）： 蛋白药，作用机制： 肿瘤坏死因子拮抗剂 由 Immenex/Amgen 公司生产，由人的肿瘤坏死因子 (TNF, Tumor necrosis factor) 膜 外受体部分和人的免疫球蛋白 (IgG1) 的 Fc 部分融合 (TNFR:Fc) 而成。 在哺乳动物细胞中 合成。 国内仿制厂商：益赛普，生产厂商：上海中信国建 enbrel or etanercept GenSeq 返回专利 检索结果 打开下拉菜单，对结果进行过滤 只筛选多肽 / 蛋白序列
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Copyright 2007 Thomson Corporation 7 T H O M S O N S C I E N T I F I C 过滤得结果： Amgen
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Copyright 2007 Thomson Corporation 8 T H O M S O N S C I E N T I F I C 该专利涉及到 4 个具体序列： TNF 受体 2 ；人免疫球蛋白 IgG1; 人 免疫球蛋般 IgG1 变体；融合蛋白 该专利涉及到 4 个具体序列： TNF 受体 2 ；人免疫球蛋白 IgG1; 人 免疫球蛋般 IgG1 变体；融合蛋白
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Copyright 2007 Thomson Corporation 9 T H O M S O N S C I E N T I F I C 该专利的专利家族成员
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Copyright 2007 Thomson Corporation 10 T H O M S O N S C I E N T I F I C 该专利涉及到的 4 个具体序列之一：融合蛋白 467AA （其他三个是 TNF 受体 2 ；人免疫球蛋白 IgG1; 人免疫球 蛋般 IgG1 变体） 该专利涉及到的 4 个具体序列之一：融合蛋白 467AA （其他三个是 TNF 受体 2 ；人免疫球蛋白 IgG1; 人免疫球 蛋般 IgG1 变体）
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Copyright 2007 Thomson Corporation 11 T H O M S O N S C I E N T I F I C 与该融合序列有相似性的 1500 多个专利序列、公共序列
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Copyright 2007 Thomson Corporation 12 T H O M S O N S C I E N T I F I C 该融合序列中保守位点比较
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Copyright 2007 Thomson Corporation 13 T H O M S O N S C I E N T I F I C Enbrel （通用名 Etanercept ）： 蛋白药，作用机制： 肿瘤坏死因子拮抗剂 由 Immenex/Amgen 公司生产，由人的肿瘤坏死因子 (TNF, Tumor necrosis factor) 膜 外受体部分和人的免疫球蛋白 (IgG1) 的 Fc 部分融合 (TNFR:Fc) 而成。 在哺乳动物细胞中 合成。 国内仿制厂商：益赛普，生产厂商：上海中信国建 Enbrel （通用名 Etanercept ）： 蛋白药，作用机制： 肿瘤坏死因子拮抗剂 由 Immenex/Amgen 公司生产，由人的肿瘤坏死因子 (TNF, Tumor necrosis factor) 膜 外受体部分和人的免疫球蛋白 (IgG1) 的 Fc 部分融合 (TNFR:Fc) 而成。 在哺乳动物细胞中 合成。 国内仿制厂商：益赛普，生产厂商：上海中信国建 enbrel or etanercept GenSeq 返回专利检索结 果： 448 个专利序列
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Copyright 2007 Thomson Corporation 14 T H O M S O N S C I E N T I F I C 该专利涉及到的 4 个具体序列之一：融合蛋白 467AA （其他三个是 TNF 受体 2 ；人免疫球蛋白 IgG1; 人免疫球 蛋般 IgG1 变体） 该专利涉及到的 4 个具体序列之一：融合蛋白 467AA （其他三个是 TNF 受体 2 ；人免疫球蛋白 IgG1; 人免疫球 蛋般 IgG1 变体） Blast this sequence
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Copyright 2007 Thomson Corporation 15 T H O M S O N S C I E N T I F I C Blast this sequence: 序列自动跳到检索区 Blast this sequence: 序列自动跳到检索区
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Copyright 2007 Thomson Corporation 17 T H O M S O N S C I E N T I F I C E-Value: 0
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Copyright 2007 Thomson Corporation 18 T H O M S O N S C I E N T I F I C E-Value: e-154
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Copyright 2007 Thomson Corporation 20 T H O M S O N S C I E N T I F I C 风湿性关节炎发病机理： 肿瘤坏死因子 α(TNF- α)
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Copyright 2007 Thomson Corporation 21 T H O M S O N S C I E N T I F I C Enbrel （通用名 Etanercept ）： 蛋白药，作用机制： 肿瘤坏死因子拮抗剂 由 Immenex/Amgen 公司生产，由人的肿瘤坏死因子 (TNF, Tumor necrosis factor) 膜 外受体部分和人的免疫球蛋白 (IgG1) 的 Fc 部分融合 (TNFR:Fc) 而成。 在哺乳动物细胞中 合成。 国内仿制厂商：益赛普，生产厂商：上海中信国建 Enbrel （通用名 Etanercept ）： 蛋白药，作用机制： 肿瘤坏死因子拮抗剂 由 Immenex/Amgen 公司生产，由人的肿瘤坏死因子 (TNF, Tumor necrosis factor) 膜 外受体部分和人的免疫球蛋白 (IgG1) 的 Fc 部分融合 (TNFR:Fc) 而成。 在哺乳动物细胞中 合成。 国内仿制厂商：益赛普，生产厂商：上海中信国建 enbrel or etanercept GenSeq 返回专利 检索结果 Enbrel 相互作用数据
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Copyright 2007 Thomson Corporation 22 T H O M S O N S C I E N T I F I C 支持文献
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Copyright 2007 Thomson Corporation 23 T H O M S O N S C I E N T I F I C 同义词
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Copyright 2007 Thomson Corporation 24 T H O M S O N S C I E N T I F I C 风湿性关节炎发病机理： 肿瘤坏死因子 α(TNF- α)
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Copyright 2007 Thomson Corporation 25 T H O M S O N S C I E N T I F I C DIF or TNF or TNFA or TNFSF2 or OTTHUMP00000037669 过滤：与小分子相互作用；蛋白 - 蛋白相互作用等
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Copyright 2007 Thomson Corporation 30 T H O M S O N S C I E N T I F I C What is the BondPlus BondPlus = Public Sequences Data + BindPlus + GenSeq BindPlus: 分子间相互作用数据库 生物分子间的相互作用（如：蛋白质 - 蛋白质、蛋白质 - 核酸 、蛋白质 - 多糖之间的相互作用）具有高度的专一性、目的性和 有效性，是生命活动的基础。 分析这些相互作用，对于了解生物分子的结构特征和功能具 有重要的意义。 同时为研究重大疾病的机理、疾病治疗、疾病预防和新药开 发提供重要的理论基础。 BindPlus: 分子间相互作用数据库 生物分子间的相互作用（如：蛋白质 - 蛋白质、蛋白质 - 核酸 、蛋白质 - 多糖之间的相互作用）具有高度的专一性、目的性和 有效性，是生命活动的基础。 分析这些相互作用，对于了解生物分子的结构特征和功能具 有重要的意义。 同时为研究重大疾病的机理、疾病治疗、疾病预防和新药开 发提供重要的理论基础。
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Copyright 2007 Thomson Corporation 31 T H O M S O N S C I E N T I F I C BondPlus 的 GenSeq 收集了来自 41 个国家 / 组织的 2000 多万个专利核酸 / 蛋白序列 NCBI 中收录只收录了来自 3 个国家 / 组织的 600 多万条专利核酸 / 多肽序列。 公共数据库很难查全有关核酸 / 多肽序列的专利。 – 一方面为序列知识产权策略的制定造成困扰 – 另一方面，在研发上有可能忽略一些重要的信息。 – 这也是为什么 NCBI 建议如果是做专利序列的全面检索，要检索更专业的数据库，比如： GENSEQ （ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/NAWBIS/Modules/InfoHubs/Exercises/infohubs_qa_pat ents_only.html ） http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/NAWBIS/Modules/InfoHubs/Exercises/infohubs_qa_pat ents_only.html 生物分子间的相互作用具有高度的专一性、目的性和有效性，是生命活动的基础。分析这 些相互作用： – 对于了解生物分子的结构特征和功能具有重要的意义。 – 同时为研究重大疾病的机理、疾病治疗、疾病预防和新药开发提供重要的理论基础。 BondPlus 中除了 GENESEQ 的专利序列数据； BIND 的分子相互作用数据外；还有第三部 分数据组成，即来自 Genbank 等公共数据库中的序列信息。这样可以很方便的将申请专 利的序列与公共数据库中的序列进行 Blast 比较。了解申请专利的序列的特殊的地方。
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