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S. morelense Lc04 T A.vitis IAM 14140 T A. rhizogenes IAM 13570 T R. tropici B CIAT 899 T R. leguminosarum USDA 2370 T R. yanglingense CCBAU 71623 T R.

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1 S. morelense Lc04 T A.vitis IAM T A. rhizogenes IAM T R. tropici B CIAT 899 T R. leguminosarum USDA 2370 T R. yanglingense CCBAU T R. etli CFN42 T CCBAU A. tumefaciense IAM T A. rubi IAM T CCBAU and other 26 strains S. saheli LMG 7837 T S. kostiense HAMBI 1489 T S. saheli USDA 4102 S. saheli LMG 8310 S. fredii CCBAU 110 S. fredii USDA 205 T CCBAU and other 93 strains S. sojae CCBAU T and other 12 strains S. mexicanus HAMBI 2910 T S. kummerowiae CCBAU T S. medicae USDA 1037 T S. meliloti USDA 1002 T CCBAU and other 2 strains M. amorphae ACCC T M. huakuii CCBAU 2609 T M. plurifarium LMG 1892 T CCBAU and other 31 strains B. yuanmingense CCBAU T B. japonicum B15 B. japonicum USDA 110 CCBAU and other 29 strains B. liaoningense USDA 3622 T B. japonicum USDA 6 T B. elkanii USDA 76 T CCBAU and other 14 strains Supplementary Fig. A. Dendrogram based on the cluster analysis of 16S rDNA-RFLP.

2 Supplementary Fig. B. Phylogenetic relationships based on 16S rDNA sequences. CCBAU (HM057449) S. fredii CCBAU 110 (AF250354) CCBAU (HM057446) CCBAU (HM057458) S.americanum CFNEI 156 T (AF506513) S.fredii USDA205 T (AY260149) CCBAU (HM057450) CCBAU (HM057442) CCBAU (HM057443) CCBAU (HM057448) S. saheli LMG 7837 T (X68390) CCBAU (HM057451) CCBAU (HM057462) CCBAU (HM057447) S. sojae CCBAU T (GU593061) S.kostiense HAMBI 1489 T (Z78203) S. mexicanus HAMBI 2910 T (DQ411930) S. terangae LMG7837 T (X68387) Ensifer garamanticus ORS 1400 T (AY500255) S. arboris HAMBI 1552 T (Z78204) CCBAU (HM057444) Ensifer numidicus ORS 1407 T (AY500254) S. medicae A321 T (I39882) S. kummerowiae CCBAU71714 T (AF364067) S. meliloti USDA 1002 T (X67222) S. morelense Lc04 T (AY024335) M. tianshanense USDA 3592 T (U71079) M. ciceri USDA 3383 T (AJ294395) M. loti LMG 6125 T (X67229) M. huakuii USDA 4779 T (D13431) M. mediterraneum USDA 3392 T (I38825) R. tropici A USDA 9039 T (X67234) R. tropici B USDA 9030 T (U89832) R. indigoferae CCBAU T (AY034027) R. leguminosarum USDA 2370 T (U29386) R. fabae CCBAU T ( DQ835306) R. etli CFN 42 T (U28916) CCBAU (HM057445) R. galegae ATCC T (D11343) R. huautlensese LMG T (AF025852) R. soil DS-42 T (EF363715) R. loessense CCBAU 7190B T (AF364069) R. gallicum R602sp T (U86343) R. yanglingense CCBAU T (AF003375) B. elkanii USDA 76 T (U35000) B. pachyrhizi PAC 48 T (AY624135) CCBAU (HM057457) CCBAU (HM057461) B. jicamae PAC68 T (AY624134) B. iriomotense LMG T (AB300992) B. denitrificans LMG 8443 T (X66025) B. betae LMG T (AY372184) B. japonicum USDA 110 (NC004463) CCBAU (HM057452) CCBAU (HM057456) CCBAU (HM057453) B. yuanmingense CCBAU T (AF193818) CCBAU (HQ174474) B. japonicum USDA6 T (AB231927) CCBAU (HM057454) CCBAU (HM057459) B. liaoningense USDA 3622 T (AF208513) B. canariense BTA-1 T (AJ558025) CCBAU (HM057455) CCBAU (HM057460)

3 (a) atpD Supplementary Fig. C Phylogenies of housekeeping genes atpD (a), recA (b) and glnII (c).

4 S. fredii USDA 205 T (AJ294379) S. fredii CCBAU110 (DQ411944) CCBAU (HM057505) S. fredii CCBAU (EU518365) CCBAU (HM057513) CCBAU (HM057509) Sinorhizobium sp CCBAU (EU152374) CCBAU (HM057504) Sinorhizobium sp CCBAU (EU152375) Sinorhizobium sp CCBAU (EU152378) CCBAU (HM057512) CCBAU (HM057507) CCBAU (HM057511) Rhizobium sp. NGR 234 (NC012587) CCBAU (HM057510) S. americanum CFNEI 156 T (DQ411943) CCBAU (HM057514) CCBAU (HM057506) CCBAU (HM057508) S. sojae CCBAU T (GU994055) S. kostiense HAMBI 1489 T (AM182142) S. medicae A321 T (AJ294381) S. arboris HAMBI 1552 T (AM182130) S. kummerowiae CCBAU T (DQ411945) S. meliloti USDA 1002 T (AJ294382) E. garamanticus ORS 1400 T (AM946573) S. terangae LMG 7834 T (AJ294383) S. mexicanus HAMBI 2910 T (DQ411951) S. chiapanecum ITTG S70 T ( EF463926) E. adhaerens ATCC T (HM997099) S. morelense Lc04 T (AJ505601) E. numidicus ORS 1407 T (AM946578) S. saheli LMG 7837 T (AM182138) R. tropici A USDA 9039 T (AJ294372) R. tropici B USDA 9030 T (AJ294373) R. yanglingense SH22623 T (AY907359) CCBAU (HM057524) R. etli CFN 42 T (CP000133) R. fabae CCBAU T (EF579941) R. leguminosarum USDA 2370 T (AJ294376) M. loti LMG 6125 T (AM182156) M. tianshanense USDA 3592 T (AJ294368) B. denitrificans LMG 8443 T (FM253196) B. jicamae PAC68 T (HM047133) CCBAU (HM057523) B. elkanii CCBAU (EU419738) B. elkanii USDA 76 T (AY591568) CCBAU (HM057521) B. pachyrhizi LMG T (HM047130) CCBAU (HM057519) CCBAU (HM057516) B. yuanmingense CCBAU (EU152377) CCBAU (HM057515) CCBAU (HM057520) B. yuanmingense CCBAU (EU419741) B. yuanmingense CCBAU T (AY591566) B. yuanmingense CCBAU (EU419735) CCBAU (HM057518) B. japonicum CCBAU (EU518367) B. liaoningense USDA 3622 T (AY494833) B. iriomotense NBRC T (AB ) B. canariense BTA-1 T (AY591553) B. betae LMG T (AB353734) B. japonicum CCBAU (EU419734) B. japonicum USDA 110 (NC004463) B. japonicum USDA 6 T (AM168341) B. japonicum X6-9 (AY591557) B. japonicum CCBAU (EU419739) CCBAU (HM057522) CCBAU (HM057517) CCBAU (HQ174516) (b) recA

5 (c) glnII

6 Supplementary Fig. D. Phylogenetic relationships based on nodC (a) and nifH (b) a. nodC B. liaoningense CCBAU (EU146031) S. fredii CPAC402 (DQ485716) B. japonicum CPAC 15 (DQ485693) B.japonicum CCBAU (EU146018) B. japonicum CCBAU (HQ174508) B. japonicum SEMIA 566 (DQ485699) B. japonicum USDA 6 T (AB354632) B. elkanii CCBAU (HM057548) B. japonicum CCBAU (HM057547) B. liaoningense-related CCBAU (HM057544) B. japonicum CCBAU (HM057543) B. japonicum CCBAU (HM057542) B. japonicum USDA 110 (NC004463) B. yuanmingense CCBAU T (AB354633) B. japonicum CCBAU (EF394183) B. yuanmingense CCBAU (HM057540) B. yuanmingense CCBAU (HM057541) B. yuanmingense CCBAU (HM057545) B. yuanmingense CCBAU (EF153405) B. yuanmingense CCBAU (EU146022) B. yuanmingense CCBAU (DQ010033) B. yuanmingense CCBAU (EF394182) B. pachyrhizi LMG T (HM047128) B. elkanii CCBAU (HM057546) B. elkanii USDA 76 T (AB354631) B. canariense BTA-1 T (AJ560653) B. iriomotense LMG T (AB301000) S. medicae USDA 1037 T (EF209422) S. meliloti USDA 1002 T (EF428922) S. kummerowiae CCBAU T (GU994071) B. jicamae LMG T (HM047129) B. elkanii CCBAU (EU418394) S. fredii CCBAU (HM057529) S. fredii CCBAU (HM057530) S. americanum-relaed CCBAU (HM057531) S. fredii CCBAU (HM057532) S. fredii CCBAU (HM057534) Sinorhizobium sp. I CCBAU (HM057535) S. fredii CCBAU (HM057537) S. fredii CCBAU (HM057538) S. sojae CCBAU T (GU994069) S. fredii USDA 205 T (GU994972) S. fredii HH103 (DQ060002) Sinorhizobium sp.CCBAU (EU146020) Sinorhizobium sp. CCBAU (EU146023) S. fredii CCBAU45274 (EU753431) Rhizobium sp. NGR 234 (NC000914) Sinorhizobium sp. II CCBAU (HM057533) S. fredii CCBAU (HM057536) S. americanum-relaed CCBAU (HM057539)

7 b. nifH B. liaoningense-related CCBAU (HM057563) B. japonicum CCBAU (EU146002) B. japonicum CCBAU (HQ174495) B. liaoningense LMG T (EU818925) B. japonicum USDA 110 (NC004463) S. fredii CPAC 402 (DQ485715) B. japonicum CCBAU (HM057561) B. japonicum CCBAU (HM057567) B. japonicum USDA 6 T (HM047126) B. japonicum CCBAU (HM057562) B. japonicum USDA 110 (NC004463) B. liaoningense CCBAU (EU146014) B. yuanmingense CCBAU T (EU818927) B. yuanmingense SR69 (EU357925) B. yuanmingense CCBAU (HM057560) B. yuanmingense CCBAU (EF153397) B. yuanmingense CCBAU (HM057559) B. yuanmingense CCBAU (HM057564) B. yuanmingense CCBAU (AY934871) B. yuanmingense CCBAU (EU146005) B. yuanmingense SR66 (EU357924) B. pachyrhizi LMG T (HM047124) B. elkanii USDA 76 T (AB094963) B. elkanii CCBAU (HM057568) B. elkanii CCBAU (HM057565) B. elkanii S127 (DQ485701) B. jicamae LMG 24556T (HM047127) B. canariense BTA-1 T (EU818926) B. denitrificans LMG 8443 T (HM047125) S. meliloti ATCC 9930 T (M55229) S. kummerowiae CCBAU T (DQ411931) S. mexicanus HAMBI 2910 T (DQ411936) S. chiapanecum ITTG S70 T (EU291982) S. americanum CFNEI 156 T (AF506514) S. kostiense HAMBI 1489 T (DQ411934) S. arboris HAMBI 1552 T (Z95214) S. terangae ORS1009 T (Z95218) S. saheli ORS 609 T (Z95221) S. americanum-relaed CCBAU (HM057558) Sinorhizobium sp. II CCBAU (HM057552) S. fredii CCBAU (HM057555) S. fredii CCBAU (EU418416) Sinorhizobium sp. CCBAU (EU146006) Rhizobium sp. NGR 234 (NC000914) Sinorhizobium sp. CCBAU (EU146003) S. fredii CCBAU (HM057551) S. fredii CCBAU (HM057556) S. fredii CCBAU 110 (DQ411933) S. fredii CPAC 402 (DQ485714) S. fredii CCBAU (HM057553) S. americanum-relaed CCBAU (HM057550) S. sojae CCBAU T (GU994077) S. fredii CCBAU (HM057549) Sinorhizobium sp. I CCBAU (HM057554) S. fredii CCBAU (HM057557) S. fredii CCBAU (HM057566)

8 Supplementary Fig. E. Correlation analysis between sample sites and CACAI group.


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