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INTech Octobre 2003 des protéines aux gènes... INTech Octobre 2003 Partie II

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Presentation on theme: "INTech Octobre 2003 des protéines aux gènes... INTech Octobre 2003 Partie II"— Presentation transcript:

1 INTech Octobre 2003 des protéines aux gènes... INTech Octobre 2003 Partie II

2 INTech Octobre 2003 du protéome au génome Proteome Genome gel 2D MS/MS PepLine génome annoté

3 INTech Octobre 2003 Malate permease protéome membranaire bactérien un exemple

4 INTech Octobre 2003 Malate permease protéome membranaire bactérien un exemple MS/MS

5 INTech Octobre 2003 identification de protéine : approche directe protéine fragments trypsiques spectres MS/MS SwissProt P1 P2 spectres théoriques P1 P5 P9 protéines candidates

6 INTech Octobre 2003 identification de protéine : approche indirecte protéine fragments trypsiques spectres MS/MS P1 P5 P9 protéines candidates interprétation GLL[SG]LAGP SwissProt P1 P2 GLLGLAP[SG]

7 INTech Octobre 2003 Un court fragment peptidique Deux masses flanquantes de séquence inconnue PEPTIDE SEQUENCE TAG WMP P M W ? ? Da Da étiquette peptidique (PST)

8 INTech Octobre 2003 « Mapping » dun PST sur une séquence protéique...LSEAKISVTSTAESVTASLTDAEKTVNQTAR SwissProt Protéine 1 Protéine 2 Protéine 3 Protéine N … Identification de protéines Taggor + PepMap = PepLine ESV

9 INTech Octobre 2003 Taggor + PepMap pro = PepLine pro « Mapping » dun PST sur une séquence protéique...LSEAKISVTSTAESVTASLTDAEKTVNQTAR SwissProt Protéine 1 Protéine 2 Protéine 3 Protéine N … Identification de protéines ESV

10 INTech Octobre 2003 Spectres MS/MS 1) interprétation partielle des spectres PSTs Séquences Génomiques Chr 1 Chr 2 Chr 3 Chr M … Gene localisation des gènes 2) Localisation et clustering des PSTs on passe aux gènes...

11 INTech Octobre PepMap Gene chromosome traductions traductions PST

12 INTech Octobre 2003 PepMap Gene +3 chromosome traductions traductions PST cluster procaryote

13 INTech Octobre 2003 PepMap Gene +3 chromosome traductions traductions PST cluster eucaryote exons

14 INTech Octobre 2003 Translated Chromosome (6 frames) Cluster Chromosome EXON Intron Gene 2 – localisation des séquences codantes (PSTs clustering) EXON Complete matchPartial match 1- localisation des PSTs sur une séquence génomique eucaryote EXON No match ! PepMap Gene

15 INTech Octobre 2003 LCU0134 (nanoLC-MS/MS analysis) Frame +1 Frame +2 Frame +3 Frame -2 Frame -1 Frame -3 Arabidopsis thaliana Chromosome PSTs application PepLine

16 INTech Octobre 2003 MS/MS spc MS/MS spc Intron chloroplast inner envelope protein application

17 INTech Octobre 2003 PepLine + GenoStar = GenoMap JAVA GenoCore GenoMap

18 INTech Octobre 2003 Objects organized in collection List of objects (nanoLC runs) GenoMap PepMap task : logical decomposition

19 INTech Octobre 2003 Malate permease GenoMap PST

20 INTech Octobre 2003 Thierry VERMAT Marielle VIGOUROUX Hélène RIVIERE-ROLLAND Yves VANDENBROUCK Romain CAHUZAC Myriam FERRO Gilles ANDRÉ Emmanuelle MOUTON Christophe BRULEY Jérôme GARIN Erwan RÉGUER Estelle NUGUES Alain VIARI Le village


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